REKONSTRUKSI POHON FILOGENETIK DARI SEKUEN MATURASE K GYRINOPS VERSTEEGII MENGGUNAKAN REFERENSI PENCARIAN MEGABLAST

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk melakukan analisis filogenetik terhadap sekuen matK Gyrinops versteegii berdasarkan pencarian reference menggunakan MegaBLAST dari NCBI. Sampel diambil dari tegakan pohon G. versteegii di perkebunan gaharu Desa Langko Lombok Barat. Blood Animal Plant DNA Preparation Kit digunakan untuk ekstraksi DNA dari organ daun. Pengukuran absorbansi panjang gelombang 230 nm, 260 nm, dan 280 nm dilakukan pasca ekstraksi DNA. Amplifikasi PCR dilakukan dengan menggunakan KAPA 2G PCR mix dengan program initial denaturation 95^oC selama 3 menit diikuti 40 siklus denaturasi 95^oC selama 15 detik, annealing 37^oC selama 1 menit, extension 72^oC selama 2 menit, dan final extension 72^oC selama 5 menit. Pencarian type reference dilakukan menggunakan MegaBLAST dan dilakukan alignment sekuen dengan menggunakan ClustalX. Rekonstruksi pohon filogenetik dilakukan menggunakan program MEGA 5.1. dengan dua algoritme filogenetik yaitu Neighbor Joining dan Maximum Parsimony. Hasil penelusuran MegaBLAST menunjukkan sekuen matK G. versteegii mengerucut pada dua genus dalam family Thymeleaceae yaitu: Aquilaria dan Gyrinops. Pohon filogenetik yang direkonstruksi dengan algoritme berbeda memiliki topologi yang berbeda. G. versteegii berkumpul dalam satu clade sebagai sister taksa pada pohon filogenetik Neighbor Joining namun terpisah pada klade berbeda pada pohon filogenetik Maximum Parsimony. Tergabungnya Gyrinops dan Aquilaria dalam beberapa klade yang sama menunjukkan bahwa kedua genus ini memiliki hubungan kekerabatan yang dekat. Dapat disimpulkan bahwa sekuen matK G. versteegii berdasarkan penelusuran MegaBLAST merupakan marker ideal yang digunakan untuk melakukan analisis filogenetik genus Gyrinops dan Aquilaria yang bersifat monofiletik.